Dado que la evolución de Orfeo se orientó a ofrecer nuevas funcionalidad a los usuarios, pero tales desarrollos se realizaron sin considerar una serie de aspectos técnicos necesarios en un proyecto de gran escala y como consecuencia de un desarrollo poco estandarizado, se han detectado una serie de debilidades que deben ser corregidas, por lo que se hace necesario adelantar una reingeniería del sistema.

Como parte de las etapas surtidas para adelantar la Reingeniería de Orfeo, la Superservicios a finales del año 2008 se reunió con entidades como el DNP, Acción Social y el Archivo General de la Nación con el fin de evaluar alternativas para realizar la reingeniería del sistema de gestión documental.

Más adelante en Junio 23 de 2009 se realizó una sesión de trabajo con varias Entidades usuarias del sistema de gestión documental Orfeo, con el fin de identificar y proponer alternativas para la reingeniería y posteriormente la administración del sistema. Como resultado se obtuvo un cuadro con las debilidades y fortalezas del sistema, así como una serie de recomendaciones técnicas y administrativas.

En octubre 13 de 2009 el jefe de la Oficina de Informática de la Superservicios realizó una presentación ilustrando las principales debilidades de ORFEO en la Superservicios y la importancia de adelantar la reingeniería del sistema de gestión documental para cumplir requerimientos realizados por entes de control y mejorar la seguridad de Orfeo. De esta reunión se pudo concluir que se necesitaba una reingeniería del sistema y que dicha propuesta debía ser aprobada por el comité del COINFO.

Finalmente se presentó el proyecto de reingeniería de Orfeo para la Superservicios ante el comité del COINFO, donde se aprobó la realización del rediseño del sistema para la Entidad en dos (2) fases, con el compromiso de una vez implementadas las mejoras funcionales del sistema, compartirlas con las demás entidades usuarias, manteniendo la misma licencia libre (GNU/GPL).